气功的理论与中医基础理论是一致的，如它们都崇尚传统哲学中天人合一的整体观、辩证统一的动静观、相互依存的形神观等。气功中用得比较多的理论有阴阳五行学说、精气神学说、藏象学说和经络学说；在病因病邪学说中比较重视七情致病和内生五邪致病，而对外感六淫与戾气致病说则较少涉及；在治则治法中，重视未病先防，并较多采用和法、补法、通法等治法，也偶用“八法”中的温、清法，但对汗、吐、下、消法基本不用。试以具体的功法或练法择要说明之。
阴阳学说 其在气功中的应用主要体现在两个方面，以阴阳划分气功的功法，则动功属阳、静功属阴；呼气为阳，吸气为阴，存想太阳服日光能温阳，存想月光服月精能益阴，“动作”属阳故能避寒、“阴居”属阴故能避暑。将这两个方面与练功者的体质或所患病证结合，构成了医学气功辨体质选功（练功）、辨证施功的基础。
五行学说 五行学说在气功中的应用，除了一些功法中用来确定练功的方向、时辰外，主要是其在六字诀中的应用。以五行定练功方向、时辰，最有代表性的为《素问·遗篇·刺法论》的记载：“肾有久病者，可以寅时面向南……”肾在五行属水，“肾有久病”为虚证，“面向南”取南方之火以补之，并含交通心肾之意；“寅时”对应手太阴肺经，肺属金，此时练功取五行相生中的“金生水”。五行学说在六字诀中的应用，可以说达到了“淋漓尽致”的程度。首先，六字诀革新了古人五行与五音的分属，弃角、徵、宫、商、羽，代之以嘘、呵、呼、呬、吹、嘻，并分别与肝、心、脾（胃）、肺、肾、三焦六者相对应，并延伸至与该脏相关的经络、关窍、形体、情志等，如嘘字诀可用于肝与肝经、胆与胆经以及筋、目、怒等相关病证，体现了整体观在气功中的应用；其次，以五行学说指导六字诀养生，具体如“四季却病歌”谓，“春嘘明目木扶肝，夏至呵心火自闲，秋呬定收金肺润，肾吹唯要坎中安，三焦嘻却除烦热，四季长呼脾化餐”，体现了气功崇尚的天人合一观；再者，以五行学说指导六字诀的临床应用，其中数金元四大家之一的刘完素应用得最为娴熟，他在《素问玄机原病式》中提出了“实则行其本化之字泻之，衰者行其胜己之字泻之”的应用原则，并称之为“杀鬼贼”。《脉望》对此从两个方面进行了发挥：一是对由“所不胜”（即五行相侮）形成的病证，行“侮我”之脏的字，以使“我”脏不再受侮，如认为肝（木）气不足是肺（金）之有余之故，用呬字泄之；如心气不足，是肾之有余，用吹字泄之……二是对实证，按“实则泻其子”的原则择字，如“肝有余气则嘘，若嘘亦不能引肝气，则引其子，用呵字泻心之气，心气既行，肝气自传……”两种用法都体现了治病求本的原则，也是气功疗法辨证施治的范例之一。
藏象学说 八段锦能体现藏象学说的传统功法。仅在八节功法的名称中，至少有七节直接与藏象学说有关，试以其中四节说明之。第一节“两手托天理三焦”，以“三焦”代指全身。第二节“左右开弓上射雕”，古称“左肝右肺是射雕”，既应用了《素问·刺禁论》“肝生于左，肺藏于右”的观点，又体现了两者金木相克、以平为期的关系。第三节“调理脾胃单举手”，体现了脾主升、胃主降，脾胃升降为全身气机升降之枢纽之说。第五节“摇头摆尾去心火”，这一节以马步下蹲后的“转腰”为操作要点，“腰为肾之府”，转腰相当于对肾的间接按摩，功能强肾；肾为水脏，水克火，故肾水上济能去心火。
经络学说 经络学说与气功的关系尤其密切，有人甚至认为经络的发现也与练功有关，如李时珍说：“内景隧道，惟返观者能照察之。”李氏所说的“内景隧道”指经络；“返观”是气功的一种调心方法，这里代指气功锻炼，即认为经络只有在气功状态下才能体会到。气功学对经
