黄连与胡黄连是临床常用中药，只因一字之差，时有人将其混淆，甚则谬误成同一种药。此二药虽均是苦寒燥湿清热之品，但又确为两种完全不同的药材，故在使用时须当仔细辨别其异同之处。
黄连始载于《神农本草经》，其根株丛延，蔓引连株相属，成簇而色黄，黄取其色，连象其形，故名。其道地产区为四川，生长于海拔1000~2300米间的高山寒湿林荫之下，采收于立冬之后，表面多呈黄褐色，粗糙有不规则结状隆起瘤节，质坚实而硬，木质呈黄色或橙黄相间，常有裂隙。
黄连生于西蜀，禀天地清寒之气生，味极苦，气大寒，味厚气薄，沉也，降也，降中微升，阴中微阳，专治诸火。若为蔓引连株，聚集成簇、粗糙有瘤节、立冬后采收者，则最得清降收藏之气。《金匮要略·疮痈肠痈浸淫病脉证并治》载曰：“浸淫疮，黄连粉主之。”张仲景认为若该疮面从口而流向四肢，为毒邪从里达表之轻证，故可治；若从四肢流来入口者，是毒邪从外入里的重证，不可治。浸，浸渍之意；淫，蔓延之谓，投黄连粉者，得其收敛固藏清洁肃降之意也。
黄连质坚实而硬，缪希雍称：“黄连根黄、花黄、实黄，皆具土色，四月开花，六月结实，七月根紧，适逢太阴湿土、阳明燥金主令时，宜乎为入脾胃之药矣。”历代医家多有阐发黄连具“厚肠”之功。如陶弘景《名医别录》言：“（黄连）调胃厚肠、益胆”；《药性赋》言：“黄连治冷热之痢，又厚肠胃而止泻”；汪昂《本草备要》言：“黄连益肝胆、厚肠胃”。何以厚肠胃？李东垣认为肠胃为湿热所扰，为痢为痛，得此苦寒之剂，则湿热去而痛止，肠胃自厚矣。黄连在临床中有以下配伍。
①羊肝一具，黄连一两，捣丸，凡是目疾皆治，名羊肝丸。②治赤眼，以黄连5克，投适量人乳中，浸泡30分钟后，乳汁点眼，每日数次。③张锡纯外用黄连治目疾：睛胀疼者，俾用黄连淬水，乘温屡用棉花点眼，至咽中觉苦乃止，则胀疼立可见轻。④宿食不消、心下痞满者，须用黄连、枳实。⑤妇人阴中肿痛，为湿热在下之病，黄连除湿热，所以主之。⑥左金丸为治胁痛之方，而治厥阴腹痛亦具极效，以黄连、吴茱萸用量比例为六比一，取其辛开苦降、打开结节、通则不痛之意。⑦王士雄在《四科简要方·安神篇》中说：“生川连五钱，肉桂心五分，研细，白蜜丸，空心淡盐汤下，治心肾不交，怔忡无寐，名交泰丸。”人有昼夜不能安寐者，心甚烦躁，此心肾不交也。盖黄连入心，肉桂入肾，此二物相伍同行，则心肾交于俄顷而眠至矣。
黄连苦寒，味厚擅降，专入心经，兼入肠、胃、脾经，功效为清热燥湿、泻火解毒，尤善清湿热阻滞导致的中焦胃气不降、脘腹痞满、恶心呕吐，故张仲景的诸泻心汤，即半夏泻心汤、生姜泻心汤、甘草泻心汤、大黄黄连泻心汤、附子泻心汤，皆可主治痞证，黄连为其中必不可少的中药。黄连清热泻火解毒力甚强，尤以泻心经实火见长，如伍黄芩、黄柏、栀子所成的黄连解毒汤，用于一切实热火证，如烦躁、错语不眠、湿热黄疸，以及外科痈疡疔毒等；次如治舌红、脉快、下利色黄秽臭或状如果冻、肛门灼热感的葛根芩连汤，黄连功效为清热燥湿、厚肠止利。
张仲景运用黄连的方剂共有：黄连阿胶汤、泻心汤，治心也；五泻心汤、黄连汤、干姜黄连黄芩人参汤，治胃也；黄连粉，治脾也；乌梅丸，治肝也；白头翁汤、葛根黄芩黄连汤，治肠也。
张元素指出黄连的功效有六：泻心脏火，一也；去中焦湿热，二也；诸疮必用，三也；去风湿，四也；赤眼暴发，五也；止中部见血，六也。
胡黄连生长于海拔3600～4400米的高山、草地、石堆之中或浅土向阳处，得天地清肃阴寒之气，味至苦，其气大寒，性则无毒，故其恶于湿、绝于热，犹紫芝眉宇、言芳行洁之李东垣，实属鸿俦鹤侣之士也。
胡黄连以根茎入药，呈灰黄或灰棕色，形似粗枯树枝，圆似柱而略弯曲，表面粗糙，有较密环状节，体轻质硬而脆，折断时有粉尘飞出，如烟状，其断面灰黑或棕褐色，略平坦，中间有类白色点锥状管束，排列如环，酷似“八哥”的眼睛。苏敬《新修本草》始载：“出波斯国（今伊朗），生海畔陆地，八月上旬采……苗若夏枯草，根头似鸟嘴，折之肉内似鹆[yù]眼者。”原产于胡国（胡：古称北边或西域民族，泛指外国或异族）波斯，其药性类似黄连，故名胡黄连。现今《中国药典》所收载之胡黄连，主产于喜马拉雅山区西部，如西藏、云南、四川等地。
胡黄连，生性高洁，厌湿恶热，其“根茎灰黄或棕，形如枯枝，似柱略弯”者，根茎走下，状如人便；“味至苦”，最能折热降邪；“质硬而脆，折断有尘烟”者，谓之性极燥，可祛湿；“其断面有类白色点锥状管束，似八哥眼睛”者，色白得肺气之宣降，点锥状管束、如环似目，则取木气疏泄畅达之意。故胡黄连可治疗脘痞胸闷、大便色黄如酱、黏腻不畅的湿热证候。胡黄连在临床中有以下配伍。
①大便黏滞不爽、量少或临厕空蹲，常伴有小便骚黄、短涩者，可用胡黄连打细粉，眠前冲服，每日1～3克，并忌口厚味肉食、生冷。②治小儿流涎方：吴茱萸、胡黄连各6克研末，加适量醋、面粉调成糊状，敷脚心过夜，翌晨取下，次日再用。③治旋耳疮：胡黄连研细末，麻油调搽。④治口糜：胡黄连1.5克，细辛、黄连各9克，藿香3克，共研细末，每次用1.5克，于口内含漱千漱，吐之。⑤治吐血、衄血：生地黄、胡黄连各等分，研细末，以猪胆汁为丸如梧桐子大小，每服20～40丸，临睡煎茅花汤送下。⑥治婴儿赤目：茶调胡黄连细末，涂手足心。⑦治痔疮肿疼、不可忍者：取胡黄连细末，以鹅胆汁调涂。
张山雷在《本草正义》中称：“胡连性情，悉与川连同功。”胡黄连有类似川连苦降厚胃之能；“惟沉降之性尤速，故清导，下焦湿热，其力愈专，其效较川连为捷。”就是说胡黄连沉降之性更佳，清利湿热犹专，其力胜于川连。“凡热痢，脱肛，痔漏，疮疡，血痢，血淋，溲血浊血及梅毒，疳疮等证，湿火结聚，非此不能直达病所。而小儿疳积腹膨之实证，亦可用之。盖苦降直坠，导热下趋，最为迅疾，且不致久留中州，妨碍脾胃冲和之气耳。”只因胡黄连性专直下，故不能对治脾胃冲和之气，但一切湿热、邪热、阴分伏热所生诸病莫皆可以治疗。
对比可知，此二药实似相类，但黄连确有敛而痛击之志，如能征惯战之猛将一员，大有围而歼灭湿热之势；胡黄连则相对于黄连更具锐达之气，憎湿恨热，以速将贼寇驱出城外为善。此之大不同者，惟药性使然也。
