中医学将气一元论理论应用到医学方面，认为人是天地自然的产物，人体也是由气构成的，人体是一个不断发生着形气转化的升降出入气化作用的运动着的有机体，并以此阐述了人体内部气化运动的规律，精辟地论述了生命运动的基本规律，回答了生命科学的基本问题。如果说，中医学理论是建立在气一元论之上的，并不为过。
（一）说明脏腑的生理功能
新陈代谢是生命的基本特征。人之生死由乎气，气是维持生命活动的物质基础。这种生命的物质——气，经常处于不断自我更新和自我复制的新陈代谢过程中。气的这种运动变化及其伴随发生的能量转化过程称之为“气化”。“味归形，形归气，气归精，精归化，精食气，形食味，化生精，气生形……精化为气”（《素问·阴阳应象大论》），就是对气化过程的概括。气化为形、形化为气的形气转化过程，包括了气、精、血、津、液等物质的生成、转化、利用和排泄过程。“天食人以五气，地食人以五味”（《素问·六节脏象论》），是说人体必须不断地从周围环境摄取生命活动所必需的物质。否则，生命就无法维持。故曰：“平人不食饮七日而死者，水谷精气津液皆尽故也”（《灵枢·平人绝谷》）。人体的脏腑经络，周身组织，都在不同的角度、范围和深度上参与了这类气化运动，并从中获取了所需要的营养物质和能量，而排出无用或有害的代谢产物。人体的气化运动是永恒的，存在于生命过程的始终，没有气化就没有生命。由此可见，气化运动是生命的基本特征，其本质就是机体内部阴阳消长转化的矛盾运动。
升降出入是人体气化运动的基本形式。人体内气的运动称之为“气机”。而气化运动的升降出入是通过脏腑的功能活动来实现的，故又有脏腑气机升降之说。人体通过脏腑气机的升降出入运动，把摄人体内的空气和水谷转化为气、血、津、液、精等，完成“味归形，形归气；气归精，精归化；精食气，形食味；化生精，气生形”的物质和能量的代谢过程。这种气（元气）、精（水谷精微）、味（营养物质）、形（形体结构）相互作用的关系，说明了人体的正常生理活动是建筑在物质（气）运动转换的基础之上的。脏腑气化功能升降正常，出入有序，方能维持“清阳出上窍，浊阴出下窍；清阳发腠理，浊阴走五脏；清阳实四肢，浊阴归六腑”的正常生理活动，使机体与外界环境不断地新陈代谢，保证了生命活动的物质基础——气的不断自我更新。
气在于人，和则为正气，不和则为邪气。故气的生理，贵在乎“和”。“气和而生，津液相成，神乃自生”（《素问·六节脏象论》）。元气充盛，则能宣发周身，推动气血之运行，主宰人体脏腑各种功能活动，使精气血津液生化不息。脏腑经络之气机旺盛，从而维持机体内部各器官、系统间活动的相对平衡以及机体与周围环境的动态平衡。由此可见，人体的生理功能根源于气，故曰：“人之有生，全赖此气”（《类经·摄生类》）。
（二）说明人体的病理变化
五脏六腑皆赖气为之用。气贵于和，又喜宣通。故曰：“气血以流，腠理以密”（《素问·生气通天论》），“气之不得无行也，如水之流，如日月之行不休”（《灵枢·脉度》），“气血冲和，万病不生，一有怫郁，诸病生焉”（《金匮钩玄·卷一·六郁》）。凡疾病之表里虚实，顺逆缓急，无不因气所致，所谓“百病生于气也”（{素问·举痛论》）。故“凡病之为虚为实，为寒为热，至其病变，莫可名状，欲求其本，则止一气足以尽之。盖气有不调之处，即病本所在之处也”（《景岳全书·诸气》）。因此，一切疾病的发生发展都与气的生成和运行失常有关。
（三）指导诊断和治疗
1．诊断方面：中医诊断学中，四诊无一不与气密切相关。“有诸内者形诸外”（《丹溪心法》），审察五脏之病形，可知真气之虚实。因此，正气的盛衰可以从面色、形态、声音、神志、脉象等方面表现出来。其中以神志和脉象尤为重要。神气的存亡是生命活动的标志，神以精气为物质基础，是脏腑气血盛衰的外露征象。故曰：“神者，正气也”（《四诊抉微》）。“神气者，元气也。元气完固，则精神昌盛无待言也。若元气微虚，则神气微去；元气大虚，则神气全去，神去则机息矣”（《景岳全书·传忠录·虚实篇》）。故望气色又可知内脏之盛衰、气血之虚实、邪气之浅深。
“寸口者，脉之大会”（《难经·一难》），“脉气流经，经气归于肺，肺朝百脉……气归于权衡。权衡以平，气口成寸，以决死生”（《素问·经脉别论》）。故气之盛衰可从寸口脉上反映出来。人之元气为脉之根本，故曰：“脉有根本，人有元气，故知不死”（《难经·十四难》）。中医在诊断中，审查“胃气”如何，是决定疾病顺逆、生死的关键。有胃气则生，无胃气则死。
2．治疗方面：中医学认为，疾病的发生取决于邪气和正气双方的矛盾斗争，正气在发病上居主导地位。故曰：“正气存内，邪不可干”，“邪之所凑，其气必虚”。因此，治疗的基则不外乎扶正和祛邪。祛邪为了扶正，扶正即所以祛邪。“气者，人之根本也”（《难经·》）。治疗的目的旨在疏其血气，令其和平。气得其和为正气，失其和为邪气。治气贵在于“调”，这里的“调”，是调和之意，不仅仅是用理气药来调畅气机，而是指通过各种治疗方法来调整脏腑的阴阳失调，使机体重新建立阴阳气血升降出人的动态平衡，即“谨察阴阳之所在而调之，以平为期”。可见气一元论对治疗疾病具有重要的指导意义。
（四）判断疾病的预后
应用气一元论，从形气关系来判断疾病的轻重顺逆和预后，是中医诊断学中的重要内容。形以寓气，气以充形，“形气相得，谓之可治”，“形气相失，谓之难治”（《素问·玉机真脏论》）。若“形盛脉细，少气不足以息者危。形瘦脉大，胸中多气者死。……形肉已脱，九候虽调，犹死”（《素问·三部九候论》）。所以，元气是疾病顺逆的根本。
中医学根据“形神合一”的观点，强调望神色以决死生。“血气者，人之神”（《素问·八正冲明论》），“夫色之变化，以应四时之脉……以合于神明也”，“治之要极，无失色脉”（《素问·移精变气论》）。“见其色而不得其脉，反得其相胜之脉，则死矣；得其相生之脉，则病已矣”（《灵枢·邪气脏腑病形》）。得神者昌，失神者亡。
脉气主要是胃气，是判断预后的主要依据。“度事上下，脉事因格，是以形弱气虚死；形气有余，脉气不足死；脉气有余，形气不足生”（《素问·方盛衰论》）。说明了脉有胃气的。
