黄芩具有清热燥湿、泻火解毒等功效，近年运用新技术探索黄芩的活性成分，现已证实黄芩具有如下药理作用：
一、抗氧比
黄芩的主要活性成分黄芩素、黄芩苷能清除羟自由基、烷自由基，抑制由此引起的线粒体脂质过氧化和卵磷脂质体代谢，对抗过氧化氢引起的细胞损伤，对心肌缺血再灌注有保护作用。
二、抗致癌作用
黄芩素可抑制黄曲霉毒素B1和亚硝胍对沙门氏菌的致突变作用，可降低黄曲霉毒素致染色体畸变的频率，还可增强白介素和肿瘤坏死因子等细胞介质的抑癌作用。
三、抗病毒和抗菌作用
黄芩苷在低于细胞毒浓度时可抑制T细胞和艾滋病病毒，在HIV－1被细胞吸附之初，可阻止其复制。业已证明，黄芩苷的主要作用环节在于干扰HIV－1攻击靶细胞，因此有望开发成为新的抗艾滋病药物。黄芩苷对皮肤和指甲的致病真菌亦有抑制作用。
四、对血管的作用
低浓度黄芩素对离体的肠系膜动脉呈现收缩作用，高浓度时则呈现松弛血管平滑肌作用。
五．在复方中的作用
日本发现黄芩和含黄芩的复方如三黄泻心汤、小柴胡汤等的水提取物，对神经胶原细胞内Ca2+浓度在组织胺诱导下的增加有抑制作用，这些水提取物及黄芩苷可通过抑制前列腺素E2（PGE2）的释放，降低花生四烯酸的浓度，对防治高血压和糖尿病有重要意义。三黄泻心汤和黄连解毒汤对引起昏睡病的锥虫有很强的杀灭作用。柴朴汤是日本用于治疗支气管哮喘的有效汉方，其中黄芩的作用功不可没。
