生马钱子含有剧毒，马钱子的炮制就利害攸关。如同张锡纯所说：“制之有法，则有毒者，可至无毒。”传统炮制方法较多，目前全国应用较多的主要有两种，即沙炒法和油炸法，均被《中华人民共和国药典》收载为法定的方法。
沙炒法：用热沙炒至有爆烈声，表面鼓起，压之即碎。外表变为棕黄色，内核为紫红色。经沙炒或油炸等高温处理，药效低、毒性大的马钱子碱被大量破坏损失，而士的宁被部分破坏，同时生成异马钱子碱、异士的宁碱等毒性小的生物碱。
铃医法：马钱子十六两，先用童便浸49日，每3日须换新童便1次，如能每天1换更好。然后取出，换用米泔水浸7日，末后再以清水透3日，水当勤换，去皮，炒干研粉（《外科十三方考》）。
张锡纯法：将马钱子先去净毛，水煮两三沸而捞出，用刀将外皮刮净，浸热汤中，日、暮各换汤1次，浸足3日夜取出，再用香油煎至纯黑色，擘开视其中央微有黄意，火候即到。将马钱子捞出，用温水洗数次，以油气尽净为度（《医学衷中参西录》）。
朱良春法：马钱子水浸去毛，晒干，置麻油中炸。火小则中央呈白色，服后易惹起呕吐等中毒反响：火大则发黑而炭化，以致失效。在炮制历程中，可取一枚用刀切开，以里边呈紫红色最为度（《虫类药的利用》）。
颜德磬法：先将生马钱子用土炒至膨胀，再入香油炸，俟有响爆之声，外呈棕黄色，切开呈紫红色时即可。
临床使用马钱子，除个别时间以外，基本都是自己炮制，亦即民间医生顾显颖的方法。顾氏马钱子炮制方法是取净沙子放到锅里，武火把沙子炒热，加入刮去皮毛的生马钱子，换成文火，把马钱子炒到表面呈深棕色，鼓起，内部呈咖啡色，并鼓起小泡，微有焦香味，用手轻压就可以捏碎的时候，即是最佳火候。此时，马钱子的毒性最小，药效最大。如果马钱子里面呈淡黄色，就说明火候嫩了，毒性较大；如果里面都呈黑色，则炮制太过，全无药力。
起初，都是按照顾氏老方法，将马钱子刮掉毛，再炮制。但随着经验的增加，以及查阅了大量的资料以后，发现马钱子的皮毛不是毒性最大的部分。最近一些年尝试使用沙炒法而且无需脱毛，也未见明显中毒反应，炮制马钱子根本不需去皮毛，马钱子的炮制原理是通过高温炒制的时候，马钱子的毒性就被破坏掉了。
《中华本草》记载：经高温加热（220～260℃，3分钟），剧毒成分番木鳖碱（士的宁）、马钱子碱含量明显降低，而异番木鳖碱、异马钱子碱、番木鳖碱N-氧化物及马钱子碱N-氧化物含量增高。
炮制马钱子的关键在于火候恰好的马钱子，放凉后稍用力挤压，即能断开。若内部为白色或黄色，味极苦，说明火候太轻了，不能内服；若内部为紫红色，味苦，说明偏生，毒性较大，药效也差强人意；若内部为黑色，味道极淡，说明炮制过度，药力丧失，用之虽然安全，但也没有治疗作用；若内部呈咖啡色，散发出咖啡的浓香，味略苦，此时毒性最低，效果最佳。
