药对与方剂，既属于不同范畴，但又有很密切的关系。
药对，仅限定于两味药组成；方剂，一般药味较多，但也有少数方剂仅由两味药组成。药对有其特定的组成、功效与应用规律，它介乎中药与方剂之间，起着桥梁、过渡的作用。方剂有其特定的组方原则（如君臣佐使之类）与剂型（如汤丸膏散之类），这则是药对所没有的。总之，药对可以视作方剂中重要的组成部分，一张方子可以由一组或几组药对构成，当然还可加其他药物构成方剂。
由两味药物组成的某些方剂与药对相似，例如：六一散方剂即药对滑石与甘草，左金丸即吴茱萸与黄连，小半夏汤即半夏与生姜，良附丸即高良姜与香附等。但是，即使在同样两味药的情况下，同一药对可以因剂型、剂量、用法等的不同而在不同的方剂中出现，甚至可以有不同的功效。例如：枳实与白术是一组常用的药对，在汉朝《金匮要略》中，重用枳实名枳术汤，属于消重于补的方剂类；金元时，张洁古改为枳术丸，实系改为重用白术，且加荷叶烧饭为丸，应属于补重于消的方剂类。由此实证可以看到药对与方剂间的关系与其不同意义。通过对药对的理解，有利于剖析方剂的组成，明确方义。它不仅有益于旧有方剂的应用，更有益于根据病机创组新方。一般而论，一个组织严谨，疗效确实的方剂往往由若干药对组成，甚至包含着几个常用有效的方剂（或其主要组成）在内。例如：麻黄汤仅四味药，可以理解为以麻黄与桂枝这一组药对为主，再加杏仁、甘草而成，也可理解为两个药对的综合，那就视杏仁与甘草也是一组药对了。更不厌其烦地说，还可认为是由麻与桂、杏与草、麻与杏、桂与草、麻与草等药对组成。下面再举一个新方为例，即系笔者在临床上自创的清肺消痰饮，用治支气管感染甚为有效。该方仅五味药，包含有桔梗与甘草，桔梗与贝母，银花与甘草，银花与连翘，连翘与贝母等5组药对。如从方剂角度论，上方虽仅5味药，但却包含有桔梗汤（配甘草）与银花甘草汤两个方剂的全方，并兼有桔梗白散（配贝母）、银翘散的主要组成在内。由此可知：药对与方剂间既有显著的差别，又有广泛的、密切的联系。
现以医圣张仲景所著《伤寒论》的六经分证与主方为例，可知药对确是经方方剂的核心。在“太阳病”中，针对表寒证的虚、实两型分别立桂枝配芍药与麻黄配桂枝两个药对。又因寒郁化热，而立麻黄配石膏。“阳明病”之“经证”用石膏配知母，“腑证”用大黄配芒硝。“少阳病”用柴胡配黄芩以和半表、半里之邪。“太阴病”偏于补脾气者用人参配白术，偏于温中阳者用白术配干姜。“少阴病”寒盛者用附子配干姜，少阴热化证则用黄连配阿胶。“厥阴病”需吴茱萸之温肝，偏于气虚者用吴茱萸配人参，偏于血虚者用吴茱萸配当归，均加入温开而降逆之吴茱萸配生姜。
