“味甘微寒，主身体五脏百病，养精神，安魂魄，益气，明目，杀精魅邪恶鬼。久服通神明，不老。能化为汞。”（《本经》）
昔日陈修园以《本经》所论朱砂主身体五脏百病者，谓其平和无毒之药，临证用之无所顾忌，略有所误也。其实朱砂有毒，服后排泄最缓，长期服用，最易蓄积中毒，或称慢毒，损及肝、肾、大脑、血液系统。至于朱砂见火则析出水银大毒，立可杀人也，不可不知，不可不慎也。《本经》谓其能化为汞，实警示之辞也。
朱砂宜配伍运用，同远志、龙骨之类则养心气；同当归、丹参之类则养心血；同枸杞、地黄之类则养肾；同厚朴、川椒之类则养脾；同南星、川乌之类则祛风；同牛黄、黄连之类则醒脑解毒，豁痰开窍；同神曲、磁石之类则明目；以朱砂加十五倍量之芒硝共研极细末，时时吹入喉中，治咽喉肿痛每有良效。惟朱砂独用多用，轻则令人呆闷，重则为害更烈。
朱砂可以养精神，实能安魂魄也。《兰室秘藏》安神丸治心神烦乱，心悸怔忡，胸中懊恼；《本事方》珍珠母丸治阴血不足，夜寐不宁，面色少华；《千金方》磁朱丸治心悸失眠，耳鸣耳聋，视物昏花。
《本经》又言主精魅邪恶鬼者，乃扑朔迷离，神秘莫测，难以捉摸之怪异病患。今之精神分裂症当属此类，其衣被不敛，羞耻不知，秽洁不分，罵詈不休，言语善恶不避亲疏，少卧不饥；或自高贤也，自辩智也，自尊贵也；或歌或笑，或悲或泣；妄想丛生，伤人自杀，能言平生未见闻事，能见五色神鬼，种种怪异难以尽述。又有癫痫病者，猝然仆地嚎叫，声高音尖，或如马嘶，或如羊叫，或如鸡鸣，或如猪哼，或如牛吼，应乎五畜，瞬息不省人事，两目上视，手足抽搐，牙关紧闭，面色口唇青紫，口中溢出大量白色涎沫，移时清醒一切无所知，此类病患古人以为精魅邪祟、恶鬼一类，当属自然。其实至今病因亦未明。朱砂镇静魂魄，重坠清火而安定之，于癫狂、痫证实系必用之药。
贵州袁家玑氏有灵犀通圣散，用朱砂、犀角、苦参、牙皂、大黄、竹沥、雷丸等；李彦师氏有牛黄清宫汤，用朱砂、牛黄、胆星、天竺黄、生铁落、寒水石、黄连等，均治痰火入心，狂乱叫骂之精神分裂症；段仲隆氏有痰厥丸，药用朱砂、胆星、白附片、川乌、生半夏、郁金、芒硝、牛胆汁等，治中风痰厥，癫痫昏仆，口噤难开。三方药力精专，炮制精细，均有较好临床效果。
朱砂凉或大寒，体重性急，善行善降，能清热解毒、开窍醒脑，最是温病神昏良药。如万氏牛黄清心丸，以朱砂、牛黄、黄连、山栀、郁金共为细末，腊雪水调糊如黍米；《温病条辨》安宫牛黄丸更以上方增犀角、雄黄、梅片、麝香、珍珠共为极细末，炼老蜜为丸；《局方》之至宝丹、紫雪丹皆用朱砂与大寒清热，劫痰解毒类药，治中暑、中恶、中风、邪陷心包、壮热烦躁、昏狂谵语、口渴唇焦、尿赤便闭、痉厥抽风及小儿热甚惊痫等证，今用于多种脑部炎性感染，如乙脑、流脑、蛛网膜下腔出血、幼儿中毒肺炎、高热惊厥等急危重症及脑溢血、精神分裂症之属痰热心肝火盛者，具有重要作用，于中医方剂学中占有极重要地位。
朱砂又能通血脉、破癥瘕、引产下胎。先父玉书公有催生方：泡参120克，制乳没各12克，飞朱砂3克，水煎药汁送服朱砂，一剂临产子宫收缩，宫口开启时热饮。大补元气而宣导下行，安神定志，产妇热服之，精神得以持续振作，元气饱满，瘀滞开行，精神镇静，能承接产妇本来下行之气机，自能平安生产，曾挽救诸多难产、滞产母子性命，也可避免不必要之剖宫产术也。
朱砂清心明目，解毒杀虫，祛痰涎而益脾胃。又有鸡肝散：夜明砂（反复淘洗漂去泥土杂质）45克，朱砂3.5克。研细末，用新鲜鸡肝1具竹刀剖开，以上药末3克掺入鸡肝内，青菜叶包好，置炭火或煤火上烤熟，趁热有香气食之。乃治疗幼儿疳积之专用方，每觉精妙，疗效很好。有幼儿长期消化失调，腹泻不食致角膜软化，双目失明者，服后逐渐康复，双目视力也趋正常。此方既能调中化食，行滞破积，消散血痹，故能推陈致新，慢性肝硬化腹水者，常服之可以通利三焦，体质渐胖壮，全身情况明显改善。
